1、注册资本限制不同：一般纳税人在登记注册时，最低注册资金不得低于3万元，如注册的是有限公司，最低注册资金不得低于10万元；而个体工商户没有最低注册资金的限制；
2、公司章程限制不同：一般纳税人在登记注册时必须提供公司章程；而个体工商户登记注册时无需公司章程；
3、申请税率不同：一般纳税人可申请17%的一般纳税人增值税发票；个体工商户只能申请小规模纳税人，不能申请一般纳税人增值税发票；
4、计税方式不同：一般纳税人要求有健全的财务体系，需要定时报账，纳税金额也与企业申报的营收相关。简单点说，就是有收入就按比例纳税，没收入就无需缴纳；而个体工商户是国家税务机关根据其具体信息，例如：规模、员工人数、产品种类等，估算销售额后，指定税率。个体工商户需按时缴纳，不论当月是否有收入，纳税金额不变；
5、纳税方式不同：一般纳税人不仅需要缴纳个人所得税还需要缴纳企业所得税，营业部分按发票征税，经营所得部分按核定征收或查账征税；而个体工商户只需缴纳个人所得税，其征收方式是定额定律的。
个体户相较一般纳税人的缺点
1、个体工商户不能转让、变更；
2、个体户不能开设分支机构；
3、个体户不能有其它投资人或合伙人；
4、个体户独立经营，同时需要独立承担所有责任，因此风险较大；
5、个体户相较于一般纳税人可享受的政府优惠政策较少。
