1、贷款对象不同
住房公积金贷款的对象为缴存住房公积金的职工，只有缴纳了公积金才能选择住房公积金贷款；而商业贷款属于个人住房贷款，面向所有人群，只要满足银行的贷款条件，一般都可以贷款成功。如果住房公积金缴纳比例较少，那么贷款额度是相对较低的，所以建议购房者在贷款买房之前，最好先去住房公积金中心查询最高贷款额度，避免住房公积金贷款失败。
2、贷款利率不同
商业贷款5年以上基准利率是4.9%，不过现在很多城市的房贷利率上浮了10%-30%，所以具体以贷款银行的房贷利率为标准；住房公积金贷款5年以上房贷利率是3.25%。
3、贷款比例不同
很多“限购”城市首套房商业贷款的比例是7成了，即首付30%，至少也是首付25%，“不限购”城市的首套房商业贷款的比例是8成；而首套房纯住房公积金贷款的比例几乎都是8成，即首付20%。二套房的贷款政策，商业贷款的限制比住房公积金贷款的多。
4、贷款流程和审批时间不同
商业贷款一般是在购房者办理过户之前审核贷款，审批时间大约是20个工作日，主要审核机构是银行，即决定权在银行；而住房公积金贷款一般是在办理过户之后审核贷款，审批时间大约是40个工作日，并且需要通过住房公积金管理中心审批，决定权在住房公积金管理中心，银行只是执行机构。
5、贷款来源和利息用途不同
商业贷款主要是商业银行放贷，目的是为了盈利，利息归属相关的银行投资人；而住房公积金贷款的主要资金来源是缴费者缴纳的住房公积金，贷款产生的利息有规定的用途，一般只能用于保障性住房建设。
