自助存取款机不可以跨行存钱。目前所有银行的ATM均不支持跨行存钱，只支持跨行取钱和转账。取钱的手续费是按照笔数收取，而不是按照金额比例收取，有的是每笔1元，有的每笔2元。转账费用按照金额分档次收取，各家银行规定不一。
ATM银行与银行之间没有开通存款相容的业务，所以ATM只能本行存本行的，有些银行ATM也不能跨省跨地区存只能存本地区的。中国银联2015年6月8日宣布，ATM跨行转账业务已在全国所有银行开通，持卡人可在任意银行ATM机上，用任何一张银联卡向其它银联卡跨行转账，限额是每天50000元。
部分银行自动存取款机可以跨行转账。本人帐户转账无限额，本行转账及跨行转账的规定是：当日累计转账最高限额设为50000元，但若超过人民币5000元的交易，需持本人身份证及卡片到柜台签订大额转账协议。目前大部分银行ATM机跨行转账收费标准，比柜台转账略低，但比网银、手机银行转账收费要高。
