持有份额比本金少并不是亏损了。基金持有份额是根据基金净值来计算的，例如某投资者购买了1万元某基金产品，申购费率为0，申购日的基金份额净值为1.0200，那么申购份额=10000/1.0200=9803.92，此时投资者持有份额就要低于投资本金。
持有份额比本金少是一种正常现象。每一份基金份额代表的就是代表的就是基金的净值，基金的净值不断变化，它的总价值也是不断变化的，基金的总资产=基金净值×份额，即使持有份额比本金少也不能认为就是亏了，所持份额和投资的盈利或亏损没有关系。
基金持有份额和本金不同的原因：
1、申购基金存在手续费，将申购费直接从金额中扣除，会导致申购的钱变少。同一个基金产品分为A类和C类，A类需要基金申购费，费用直接在申购的资金中扣除，所以申购费用和基金市值之和才是本金。
2、基金市值的不断变化，导致基金的资产也在不断变化。因为基金也是及时变化的，如果股价不断变化，那么基金的持有份额不会变，但是基金净值会改变，从而投资者持有的基金资产也会变化。
3、基金产品净值大于1，基金的持有份额就会比购买的金额少。
