口服轮状病毒活疫苗属于二类疫苗，是自费的，不能通过医疗保险报销，但是目前部分城市已明文规定医保账户个人账户有余额的，可以用个人账户余额支付费用；患者如果购买了保险后若患轮状病毒，诊疗费用也可以通过保险报销，但需要注意的是保险种类繁多，要仔细了解条款。
以深圳为例，凡参加深圳市社会医疗综合保险的参保人和家庭成员，个人账户积累额超深圳上年在岗职工月均工资，超出额可用于支付预防接种费用，全市医保定点社康中心均可。可刷卡支付的疫苗品种包括乙肝、人用狂犬病疫苗、灭活甲肝、流感、轮状病毒活疫苗、麻腮风减毒活疫苗、脊灰灭活疫苗、水痘减毒活疫苗等疫苗。
口服轮状病毒活疫苗产生的不良反应的，部分省市规定可以通过基础保险和补充保险来获得赔偿和保障，以广东省为例：
1、基础保险：第二类疫苗基础保险费用由在广东省销售第二类疫苗的疫苗企业自愿购买支付。购买了基础保险的二类苗后出现异常反应，都将由保险进行补偿，由受种者在收到预防接种异常反应诊断书或预防接种异常反应鉴定书之日起90日内，向疫苗生产企业（二类苗）提出补偿申请；未购买基础保险的第二类疫苗，出现预防接种异常反应，由企业承担补偿费用。
2、补充保险：是由受种方、预防接种单位等根据需要，自愿、自费选择购买的商业保险；补充险的优势是除了保障异常反应引起的身故、伤残责任外，对于基础险不保障的一般反应、偶合症也一并纳入补偿保障。
